有余额是正常的，总账科目应交税费余额应该等于申报表的应交税额或者留抵税额(就是有多余未抵完的进项税)，年底要把所有应交税费的明细科目结转，结转完之后销项税额和进项税额是没有余额的

那年底怎么结转

年末时，将应交税费——应交增值税下其他明细科目的余额转入“转出未交增值税”明细科目，如果为贷方余额，再转入“应交税费——未交增值税”科目。借：应交税费——应交增值税——转出未交增值税贷：应交税费——应交增值税——进项税借：应交税费——应交增值税——销项税应交税费——应交增值税——进项税额转出贷：应交税费——应交增值税——转出未交增值税结转进项税和销项税等税金后，如果转出未交增值税科目余额在贷方，再做结转，借：应交税费——应交增值税——转出未交增值税贷：应交税费——未交增值税下年初，交纳年初未交的增值税，借：应交税费——未交增值税贷：银行存款结转税金的分录可以年末一次结转，也可以按月结转，结转后年末应交增值税科目下进项税额和销项税额，进项税额转出等专栏无余额，只有在有留底税额的时候，应交税费——应交增值税——转出未交增值税专栏有借方余额。